نظم باستانی نینجاها در آشوب است و جهان نینجا تشنه یک رهبر واقعی است، شینوبی که بتواند قبیله های از هم پاشیده را متحد کند. جنگجویان ماهر نینجا را از پیشینه‌های مختلف، از جمله قاتل، جنگجوی سایه‌ها، خیال‌پردازان و...